סימן י סעיף טו

אִם הֵסִיר אֶת הַתְּפִלִּין מִפְּנֵי שֶׁצָּרִיךְ לָלֶכֶת לְבֵית הַכִּסֵּא, כְּשֶׁחוֹזֵר צָרִיךְ לַחֲזֹר וּלְבָרֵךְ עֲלֵיהֶן. וְאִם עוֹמֵד בַּבְּרָכוֹת שֶׁל קְרִיאַת שְׁמַע, דְּהַיְנוּ מִן בִּרְכַּת יוֹצֵר אוֹר וּלְהַלָּן, לֹא יַפְסִיק בַּבְּרָכוֹת שֶׁעַל הַתְּפִלִּין אֶלָּא יָנִּיחֵן בְּלֹא בְרָכוֹת, וּלְאַחַר תְּפִלַּת שְׁמוֹנֶה עֶשְׂרֵה יְמַשְׁמֵשׁ בָּהֶם וִיבָרֵךְ עֲלֵיהֶן (רסכ"ה וְעַיֵּן סכ"ו).

If you remove the tefillin because you need to go to the lavatory, when you return and put them on you must again recite the berachos. However, if you are in the middle of the berachos of shema, that is from the berachah of yotseir or and further, you should not interrupt by reciting the berachos over the tefillin, but put them on without reciting the berachos,³¹According to Mishnah Berurah you may put on your tefillin and recite the berachos between the sections of the Shema berachos. During the Shema itself you may put on tefillin and recite the berachos even in the middle of a section. See Chapter 16:1. and following the Shemonah Esrei you should move them a bit and then recite the berachos.

תנא דבי אליהו כל השונה הלכות בכל יום מובטח לו שהוא בן העולם הבא שנאמר הליכות עולם לו אל תקרי הליכות אלא הלכות (נדה ע"ג.)