סימן י סעיף כא

יָנִיחַ אֶת הַתְּפִלִּין בְּתוֹךְ הַכִּיס שֶׁלָּהֶן, בְּאֹפֶן שֶׁיֵּדַע לְמָחָר לְהוֹצִיא תְחִלָּה שֶׁל יָד. אֲבָל לֹא יָנִיחַ שֶׁל יָד עַל שֶׁל רֹאשׁ, כֵּיוָן דְּשֶׁל רֹאשׁ קְדֻשָּׁתוֹ גְדוֹלָה מִשֶּׁל יָד, אֶלָּא יָנִיחֵם זוֹ אֵצֶל זוֹ, וְיָנִיחַ הַכִּיס עִם הַתְּפִלִּין בְּתוֹךְ כִּיס הַטַּלִּית לְמַטָּה וְהַטַּלִּית לְמַעְלָה, כְּדֵי שֶׁיִּפְגַע בַּטַּלִּית תְּחִלָּה (כ"ה כ"ח).

The tefillin should be placed inside their bag in a way that you will be certain the next day to take out the shel yad first. However, you should not place the shel yad on top of the shel rosh because the shel rosh is more sacred than the shel yad, but they should be placed side by side. The tefillin bag should be placed inside the tallis bag, below the tallis. The tallis should be on top in order that the tallis is first at hand.

תנא דבי אליהו כל השונה הלכות בכל יום מובטח לו שהוא בן העולם הבא שנאמר הליכות עולם לו אל תקרי הליכות אלא הלכות (נדה ע"ג.)