סימן יב סעיף ד
מִי שֶׁבָּרִי לוֹ שֶׁאֵינוֹ יָכוֹל לַעֲמֹד עַל עַצְמוֹ מִלְּהָפִיחַ עַד שֶׁיִּגְמֹר קְרִיאַת שְׁמַע וּתְפִלָּה, מוּטָב שֶׁיַּעֲבֹר זְמַן קְרִיאַת שְׁמַע וּתְפִלָּה מִמַּה שֶׁיִּתְפַּלֵּל בְּלֹא גוּף נָקִי. וְאִם עָבַר זְמַן תְּפִלָּה, אָנוּס הוּא (וּמַשְׁלִים אַחַר כָּךְ כְּדִלְקַמָּן סִימָן כ"א). וְאִם יֵרָאֵה לוֹ שֶׁיָּכוֹל לַעֲמֹד עַל עַצְמוֹ בִּשְׁעַת קְרִיאַת שְׁמַע, יַנִּיחַ תְּפִלִּין בֵּין הַבּוֹחֵר בְּעַמּוֹ יִשְֹרָאֵל בְּאַהֲבָה לִקְרִיאַת שְׁמַע וּמְבָרֵךְ עֲלֵיהֶן (וְעַיֵּן פרמ"ג סִימָן פ').
If you are sure that you cannot restrain yourself from flatulating until after completing the Shema and the Amidah it is preferable to let the period of Shema and the Amidah elapse rather than pray with an unclean body.7However the later poskim agree that you should recite Shema and say the Amidah in their proper time, but without tefillin. See Chapter 18:17. If the prayer period then elapses, you are considered a victim of circumstance (and you may pray later as is explained further in Chapter 21). If you feel that you can restrain yourself during the reading of Shema you should put on the tefillin between the blessing of habocheir be'amo Yisraeil be'ahavah8The blessing immediately preceeding the shema. and the Shema and recite the berachah upon them.
תנא דבי אליהו כל השונה הלכות בכל יום מובטח לו שהוא בן העולם הבא שנאמר הליכות עולם לו אל תקרי הליכות אלא הלכות (נדה ע"ג.)